La Villa nasce in possedimenti terrieri della Curia Arcivescovile di Ferrara: probabilmente il primo impianto, trecentesco, consiste in una torre di avvistamento sul corso del Po di Volano, da questa si sviluppa un primo palazzetto medioevale; viene ampliata in seguito per volontà di Bartolomeo della Rovere, vescovo di Ferrara dal 1474 al 1495, nipote di papa Sisto IV e fratello del successore di costui, Giulio II, Giuliano della Rovere.
L’edificio presenta ancora molti caratteri quattrocenteschi pur essendo stato pesantemente modificato nel Seicento e nel Settecento. La Mensa ha una pianta poligonale e un cortile a chiostro. La facciata, volta a occidente, si prolunga con due muraglie (sormontate da merlature) che immettono nei cortili di servizio laterali alla villa.
Situata sulla riva sinistra del Po di Volano, fu un complesso monumentale di proprietà della mensa vescovile di Ferrara, da cui il nome, fino al tempo delle soppressioni napoleoniche (1797). Anche se non appartenente direttamente alla Casa d’Este, la villa veniva utilizzata dalla corte ducale come residenza e luogo di rappresentanza, soprattutto nella stagione estiva, quando la via d’acqua garantiva migliori condizioni di navigabilità. L’odierno corpo est della Villa, braccio diretto al Po di Volano, costituisce la parte più antica del palazzo, e vi si trova la cappella di Sant’Agata. I vescovi estensi la trasformarono inoltre in un centro agricolo e amministrativo, mentre sotto Bartolomeo Della Rovere, furono aggiunti un porticato e una grande sala; da ultimo Biagio Rossetti intervenne nel 1513 su commissione di Ippolito I d’Este.
Dopo il 1598, con la cessione di Ferrara alla Santa Sede, la villa perse la sua centralità. Nel XIX secolo, passò a diversi proprietari, tra cui i fratelli Navarra, che la destinarono alla “Fondazione per l’Agricoltura”. Nel XX secolo, venne modificata per ospitare un orfanotrofio e residenze per famiglie mezzadrili. Acquisita nel 2003 dal Comune di Copparo e dalla Provincia di Ferrara.
